近年來，敦煌種業上下重視，采取強力措施全面加強了種子質量管理工作，制種質量得到有效提高。根據農業部及甘肅省、酒泉市種子管理部門2005、2006連續兩年玉米種子質量重點抽檢結果，敦煌種業均達到國標要求，敦煌種業贏得了質量形象，也為今后全面提升質量管理積累了經驗，營造了潛力。
      敦煌種業是國內最早從事玉米、瓜菜制種的單位，種子產品質量一直在國內有較高聲譽，所生產的種子粒籽飽滿度、純度高、發芽勢強、質量優良，深受國內外客戶的歡迎。前兩年由于酒泉境內玉米制種面積擴大，制種隔離區調整難度加大，制種企業對制種面積迅速增加的應對措施準備不足，部分單位品種基地安排不適當，一度出現了質量問題，引起了敦煌種業上下的全面重視，董事長、總經理多次召開會議安排部署整改工作，調整了種子質量管理領導力量，確定一名副總經理主抓質量工作；相關業務部門針對質量管理的薄弱環節，完善了公司質量手冊，制訂了抓好質量管理，嚴格質量措施的方略措施，配備技術過硬、認真負責、協調能力強的技術人員現場指導，要求品種純度達到98%以上，凈度99%以上，芽率96 %以上，水份13%以下；為了整體提升敦煌種業質量形象，全面杜絕質量不合格事件發生，按照主要領導的安排，公司制定了《敦煌種業制種技人員制種技術指導管理責任書》，明確了技術人員的責任和義務，將質量達標和提升做為技術人員主要考核指標，嚴格獎罰制度，提高了技術人員加強管理和深化技術指導，強化各環節質量監控的力度。各種子分公司成立質量工作領導小組，加強與技術人員、村組干部的配合，全面加大各環節的質量控制措施的落實，并由質量檢驗人員及公司領導組成質量巡查隊伍，進行全面質量巡查，發現問題及時解決，杜塞漏洞，把質量隱患消滅在萌芽狀態。種業種子質量控制中心配合主管副總在雜交受粉的關鍵時期，加強與分公司聯系與溝通，對分公司制種基地逐一進行抽查巡檢，做到心中有數，指導到位，措施得力，使質量隱患得到徹底解決。
      經過公司上下不懈努力，國家連續兩年抽檢全部達標，省市抽檢質量優良。其中2005年國家監管部門抽取的兩份樣品，吉單261純度97.8%,凈度100%,芽率99%,水份12.2%;新單23純度97.9%,凈度100%，芽率 97%，水份12%；甘肅省和酒泉市抽檢7份樣品，全面達到國家一級標準。
      根據農業部辦公廳農辦發[2007]40號《農業部辦公室廳關于2006年種子質量監督抽查情況的通報》，敦煌種業2006年被國家抽取的兩份樣品，吉單261純度97.3%，凈度99.9%，芽率98%，水份11.3%；陜單8806純度98.9%，凈度99.9%，芽率96%，水份10.8%。